齐齐哈尔三甲医院有齐齐哈尔医学院第一附属医院、齐齐哈尔市第一医院、齐齐哈尔医学院附属第三医院等。齐齐哈尔医学院第一附属医院的心内科、神经内科、骨外科、普外科和妇产科为重点专科；齐齐哈尔市第一医院的急诊科、心血管内外科、神经内外科、血液科、眼科、烧伤整形科、药剂科为重点专科；齐齐哈尔医学院附属第三医院肿瘤学科获批国家级临床重点专科建设项目，呼吸与危重症医学科、康复医学科、泌尿外科获批省级重点专科。