胆汁反流是否属于功能性胃肠病，需明确是否存在器质性原因造成病理性胆汁反流。在进行部分胃大部切除术、胃空肠吻合术及胆道手术后，患者会由于幽门切除或胆道结构发生变化而导致胆汁易反流到胃内。若由于炎症导致胆汁及胃酸刺激十二指肠造成逆蠕动，也会使幽门功能减弱、关闭不全，从而造成胆汁反流。

若胆汁反流性胃炎较严重，则患者在内镜下可以观察到大量黄绿色胆汁，胃黏膜会发生弥漫充血及糜烂。若胆汁反流较轻，如患者进行清醒胃镜时，由于呕吐较严重导致胆汁反流到胃中，在胃黏膜无明确损伤的情况下，也可以看作功能性胃肠病。