儿童脑积水手术的并发症包括感染因素、梗阻因素。可能由于脑脊液中蛋白沉淀或其它物质沉淀，堵塞分流管使其出现障碍，造成分流管不通畅，或分流管本身泵的运行功能出现异常。比较少见的并发症也会出现，比如在腹部造成腹膜炎、肠穿孔等。

儿童脑积水的手术方式目前比较成熟，比如脑室腹腔分流的手术，已经应用数十年。并且脑室腹腔分流技术比较先进，产生并发症的概率并不高，各种数据统计总体概率不会超过10%。