荧光原位杂交技术指FISH检测，主要用活检或手术切除的肿瘤组织进行更深层次的基因水平检测。
目前FISH检测应用的范围较广，如疾病诊断、预后评估，靶向药物治疗应用的选择等，而应用最多的是乳腺癌Her-2基因检测。如果Her-2的FISH检测呈阳性，可以采用曲妥珠单抗药物治疗；另外，肺癌ALK、ROS-1等基因也是通过FISH检测来判定基因改变；在评估预后上，可进行淋巴瘤双打击和三打击评估；在诊断上，软骨肉瘤已经可以采用FISH检测基因的改变进行定性做诊断。
随着医疗水平的进步，FISH即荧光原位杂交技术会越来越多地应用于疾病的诊断、预防以及治疗。