乙肝小三阳转阴后，复发的几率较低，但还是存在一定的复发性。因为小三阳转阴，主要是指表面抗原转阴，或者表面抗原阴转、表面抗体阳转，这种情况称为乙肝的临床治愈。
即使表面抗原转阴，乙肝病毒在体内的含量非常低，但在肝细胞细胞核中仍然存在非常少量的cccDNA，这种DNA在患者机体免疫力下降的情况下会被激活，病毒就会出现再复制，就会导致肝脏的损伤。
机体免疫力下降的原因，主要是患者长期过度劳累或者大量饮酒，或者长期应用免疫抑制剂。比如长期应用激素或者激素类的免疫抑制剂，会导致免疫力下降，就会使肝细胞核内非常少量的cccDNA复燃，使病毒再次复制、再次激活，就会出现乙肝复发。
但对于大部分的乙肝小三阳转阴后的患者，如果一直处于一个正常的生活状态，免疫力正常的情况下，不饮酒、不劳累、不应用免疫抑制剂，一般不会复发。
