女生做肛门镜检查通常会出现疼痛，但疼痛程度通常无法量化，且评价相对较难，因为每个人对疼痛的耐受性不同。若患者的痛阈较高，进行肛门镜检查时不会出现明显的疼痛。

疼痛程度除与患者本身对疼痛的感觉有关外，同时还与医生的操作也有较大关系。医生在操作时，除动作要轻柔外，还应在事前对患者进行必要的解释及心理抚慰。