肛瘘术后会出现复发。肛瘘由于术式的不同，术后复发率可从百分之零点几到百分之五十。传统手术的复发率相对较低，因其手术操作不同，对肛门括约肌可产生或多或少的损毁。部分操作可影响肛门的功能，最主要的是影响肛门节制及排便，少数患者在肛瘘术后可出现失禁。

但新型的肛瘘手术方式，可保留肛门括约肌，即从保留肛门功能的角度进行手术。因此，手术复发率比传统手术稍高些。