由于肝囊肿是良性肿瘤，通常不会恶变，患者不必过分担心，定期随访即可。但是如果肝囊肿逐渐增大或伴发感染，出血等症状，需对肝囊肿进行治疗，如手术治疗或囊肿液抽吸后注射硬化剂。

对于多发肝囊肿，如多囊肝或肝脏布满囊肿时，也需要进行治疗，主要治疗手段为切除囊肿或囊肿壁开窗引流。如果残余正常肝脏较少且影响肝脏功能时，需进行肝移植治疗。