通常肝脏囊腺瘤一旦发现即需治疗，主要治疗方法为根据肿瘤所在部位进行肿瘤切除。当肿瘤位于左边肝脏时，通常将左边肝脏连同正常部位切除掉。但当肿瘤位于右边肝脏，位置较深或紧贴大血管时，将肝脏囊腺瘤进行局部切除。由于囊腺瘤为良性肿瘤，所以切除范围紧贴肿瘤即可。

某些情况下囊腺瘤会变成恶性肿瘤。如定期随访时，发现肿瘤快速增大或破裂出血，这种情况需尽快手术，既可在腹腔镜下进行，也可进行开放手术。