心脏核磁和心脏彩超检查，根据心脏疾病的不同类型，以及病因诊断，有不同特点和长处，无法互相取代，都是心血管内科对于心脏病进行诊断和鉴别诊断重要的两种方法。心脏核磁主要是对心肌疾病的诊断，特别是对于心肌疾病病因的诊断。

若发现心脏明显扩大、心肌肥厚或者出现缺血等导致心肌病，此时通过心脏核磁，比较有特点的心肌疾病，在心肌核磁上有显影和显像，比心脏彩超在判断病因方面具有优势，但心脏核磁检查时间较长。而心脏彩超可非常直观地判断心脏结构功能，可短时间内给心脏病变做出大致判断，如心脏的瓣膜性疾病等。所以在临床相关检查中先进行心脏彩超检查进行筛查，若病因不清或者寻找鉴别因素时，可进行心脏核磁。