肺真菌病是较难治的疾病，肺毛霉菌感染是肺真菌病中更少见的疾病，治疗更为困难。因毛霉菌对大部分抗真菌药物都有耐药性，仅对两性霉素B敏感。

肺真菌病是机会性感染疾病，常常继发于免疫缺陷的患者，如血液病、肿瘤器官移植、糖尿病、HIV感染等。此类患者进行抗真菌治疗效果不佳，如果对抗真菌药物产生耐药性，治疗更为棘手。肺毛霉菌病治疗非常困难，如果患者在抗毛霉菌治疗的同时，自身基础疾病能够得到改善，预后则会好转。