肺真菌病是真菌和人体免疫状况互相斗争的结果。大部分的肺真菌患者都患有免疫缺陷的基础疾病，如肿瘤、糖尿病、免疫结缔组织疾病、HIV等。

有免疫缺陷的患者抗真菌治疗后预后不佳，因为患者除了要接受抗真菌治疗外，还需接受基础疾病的治疗。如果患者在抗真菌治疗同时，基础疾病也得到缓解，免疫功能也得到恢复，则预后较好。如果患者在抗真菌治疗同时，自身免疫状况未得到改善，预后则不佳。