前列腺囊肿通常都是男士在做前列腺B超时才会发现，大部分男性前列腺囊肿只有几毫米，一般临床上不会造成任何的症状，所以不必着急清除，即单纯的囊肿不要治疗。

但如果前列腺囊肿合并了前列腺炎或者前列腺增生的症状，主张根据前列腺炎的治疗原则，如有菌的前列腺炎加用抗生素进行治疗，无菌前列腺炎可以用α受体阻滞剂，代表性药物有坦索罗辛。

或者参照中医清淋的疗法，使用癃清片、前列安栓等进行综合治疗。对于前列腺增生，除了α受体阻滞剂，还可以加用5α-还原酶抑制剂。

由于前列腺囊肿其实是前列腺的腺管被堵塞造成，所以即使加用了α受体阻滞剂或者5α-还原酶抑制剂，或者有效的抗生素治疗，通常前列腺囊肿的大小不会有太大变化，只是症状消除。

但如果前列腺囊肿特别大，在临床中相对少见，如2-3cm以上，又对尿道造成压迫，可以考虑做经尿道的前列腺电切手术，将前列腺囊肿予以切除。