幽门螺杆菌根除后，一般建议进行C13或者C14呼气试验，进一步排查是否根除。不建议选用幽门螺杆菌抗体进行复查，因为幽门螺杆菌抗体阳性病人，即使进行根除治疗，其血清中的抗体也可能持续存在较长时间，此时如果抽血查抗体，结果仍然呈阳性，不代表细菌没有根除，所以不作为判断是否更除的检查手段。
另外应注意复查时间，应停用抗生素1个月后，再停用PPI(质子泵抑制剂)，如奥美拉唑、雷贝拉唑，泮托拉唑、艾司奥美拉唑、兰索拉唑等。至少停用铋剂2周左右，如枸橼酸铋钾、胶体果胶铋等。还应注意停用具有杀灭幽门螺杆菌作用的中成药，至少2周以上，才能进行C13或者C14呼气试验检查，否则上述药物可能会对吹气结果产生影响。可能因近期使用抗生素或者PPI类药物，出现假阴性的情况，所以无法判断是否根除，因此应停用上述药物一段时间后，再进行复查。
