鼻窦炎手术比较复杂，鼻窦附近是眼睛、眼眶，还有颅底等重要结构，若医生对结构不了解，伤到颅内或眼睛，就会产生严重的后遗症；还有一些其它后遗症，例如手术以后感染、疤痕挛缩、疤痕粘连、再上皮化过程偏慢、术中大出血等。

熟练的耳鼻喉医生，对知识点掌握比较牢固，有一定经验，以上后遗症可能会避免，诊疗规范也清楚规定，围手术期需要进行冲洗以及使用鼻用激素治疗，所以出现后遗症的几率较小。