女性发生肛瘘一般对怀孕没有关系，但孕妇在孕期发生肛瘘时盆腔充血，体质不如正常人健康的情况下，在发生感染时处理比较复杂，比如因为有胎儿的存在，对于抗生素用药以及手术都造成一定困难。

所以建议需要怀孕的女性在怀孕前最好将已经出现的肛瘘进行处理，包括去除痔疮等会导致怀孕期间出现问题的疾病，否则会严重影响怀孕，只有治愈后才能使孕期安全度过。