肛瘘属于比较复杂的疾病，多数是由肛腺感染引起，处理肛瘘有以下两个重要的环节：

1、在肛门外，肛瘘外口和皮下索条组织里的脓腔、组织里的瘘道；

2、肛门内肛腺感染引起肛瘘内口，即肛瘘来源从肛管内发生，需对其进行处理。

上述两个部分都处理完善后肛瘘会彻底治愈，有一项处理不完整或遗留较小的问题，则会反复发作、长期不愈，可能还要需要进行较小的修理手术。所以肛瘘手术属于十分复杂的问题，并不像痔疮、肛裂手术一样简单，因为需要有较高的判断性，错综复杂的结构使得手术难度增加。如果将以上两个部分瘘管均处理彻底，肛瘘则不会复发。