乙肝相关性肾炎，要根据患者的病情表现和病理情况进行治疗。如果患者乙肝病毒活动，乙肝DNA在复制、转氨酶异常，首先要抗病毒、保肝，纠正肝功能的问题再治疗乙肝病毒，尿蛋白很大程度上都会减少甚至会转阴。患者乙肝病毒活动对肾脏的攻击增加，控制了乙肝病毒复制、控制了乙肝活动，相应的肾脏疾病也会得到缓解。用药，干扰素或者恩替卡韦类抗病毒药物，同时还有其他的支持治疗。

乙肝相关性肾炎的患者病毒不复制，DNA是阴性，肝功能也正常，但是尿蛋白很多，可以尝试小剂量、密切监测下用免疫抑制剂。免疫抑制剂是双刃剑，不但对降尿蛋白有一定效果，还可以降低人体免疫力，可能会导致病毒活跃复制、导致肝炎活动，因此使用免疫剂的过程中，一定要监测患者的肝功能和乙肝病毒，一旦出现病毒复制，一定要及时改变免疫抑制剂的使用，甚至停用，及时加抗病毒药物。小剂量的他克莫司加上恩替卡韦同时使用，抗病毒和免疫抑制剂同时使用，也需要密切观察，但也有部分专家不建议这样用，认为抗病毒治疗要优先。