临床上一般不将肛瘘分为早期、晚期，一般可分为高位肛瘘和低位肛瘘，单纯肛瘘和复杂肛瘘。早期、晚期通常为肿瘤所具有的概念。

肛瘘本身为良性疾病，肛瘘前身为肛周脓肿，即从肛周感染后逐渐形成肛周脓肿，破溃后因迁延不愈或反复破溃形成窦道，包括外口、内口及中间窦道，进而形成肛瘘。此类疾病在肛肠良性疾病内发生率较高，与饮食习惯及大便习惯和性状均相关。