川崎病能否根治，取决于川崎病有无合并严重心血管并发症，大部分患儿预后良好，不会遗留严重并发症。但极少部分患儿，早期炎症反应剧烈，合并严重冠状动脉病变，可能遗留严重心血管后遗症，需要密切随访、追踪和观察。
川崎病合并冠状动脉病病变，已经成为儿童获得性心脏病最主要的原因，所以合并严重的冠状动脉病变，可能需要短时间或长期服药，进行根治。如果早期病情比较轻，没有严重的心血管并发症，经过三个月的系统化治疗，患儿可以达到临床治愈，不需要服药，但是建议进行心血管内科门诊的专业随诊和观察。
如果孩子合并严重的心血管并发症，比如冠状动脉瘤样扩张或合并心肌缺血，甚至出现缺血性心脏病、心力衰竭，可能要在专业心血管内科医生的指导下进行长期随访、观察，定期来门诊进行复诊，同时可能要规律服用抗血小板、营养心肌、对症支持药物治疗。
