脑干梗塞的初期治疗，包括溶栓、取栓时间窗内的治疗和时间窗外的治疗，具体如下：
1、时间窗内治疗：如果在溶栓、取栓时间窗内，就是溶栓在3-4.5小时，取栓是在8小时内，要考虑溶栓、取栓治疗。溶栓治疗常用的药物，包括阿替普酶、尿激酶取栓治疗，其实就是血管内治疗，应用导丝、导管采取介入的办法，把血栓从血管中取出来的治疗办法；
2、时间窗外治疗：如果是过了溶栓、取栓的时间窗，就可以应用脑保护治疗，改善微循环、改善侧支循环等治疗办法。脑保护治疗常用的就是依达拉奉，改善微循环、侧支循环的药物有丁苯酞、尤瑞克林等。在应用药物的同时，需要应用抗血小板聚集的药物及调血脂的药物。应用药物的目的是稳定斑块，还有预防脑梗的再次出现或者再次发生。
