早上起床小肚子胀痛的原因，主要如下：
1、憋尿时间长：患者被尿憋醒，膀胱充盈、扩张，可造成小肚子痛，为较常见的情况；
2、肠功能紊乱：可能是晚上没盖好被褥，受到低温刺激，导致肚子受凉，引起肠胃敏感、易激惹，可引起肠管痉挛性收缩，从而引起胀痛；
3、自主神经功能紊乱：自主神经功能紊乱导致肠功能紊乱，肠道正常1分钟有3-5次有节律的收缩。而肠功能紊乱时，1分钟可快速收缩7-8次，此时可由痉挛、收缩引起小肚子疼，而有时又不收缩，1分钟也不收缩1次，从而造成肠胃胀气，产生胀痛；
4、器质性疾病：直肠、盆腔的脏器有病变，如直肠炎、直肠肿瘤、盆腔肿瘤，女性患者患有的子宫肌瘤、卵巢肿瘤、输卵管肿瘤、大的囊肿等，均可造成小肚子胀痛，此时需进行盆腔的磁共振或者彩超等检查，检查是否有占位性病变。
