超声内镜对于病人来讲和普通内镜一样，都是镜子通过口腔进入消化道进行检查。对于医生来讲两者明显不同，超声内镜除能像普通胃镜一样进行观察外，主要任务是进行超声检查，因为前面有超声探头，通过消化道内腔来做消化道壁超声以及壁外邻近脏器组织的超声情况，和体外超声最大区别是体内超声距离周围组织很近，因此超声出来的图像更清晰、更好、分辨率更高、诊断价值更大。

超声最大的缺点是害怕气体，不能通过气体，所以检查时需要在消化道里注水，让周围无气体，水能够很好通过超声波，能够对周围脏器进行超声，甚至还可以进行治疗，如通过穿刺针等进行治疗。