巧克力囊肿是否引起小腹疼痛，通常与患者的发病时间以及程度有关。通常轻度巧克力囊肿的患者没有症状，多数是在早期体检时发现。巧克力囊肿典型症状为盆腔疼痛，包括痛经、慢性盆腔疼痛、肛门坠胀感，以及性交疼痛等，均属于巧克力囊肿和其它子宫内膜异位症典型症状。

当出现上述症状时，患者可以积极寻求治疗，如使用甾体类或孕激素类止痛药等，均为盆腔疼痛的有效治疗方法。此外也可以选择二线治疗、GRH即生长激素释放激素等其它治疗方法。