我国指南和世界其他各国指南中明确说明，卵巢巧克力囊肿在＜4cm时，可以采取观察随访。通常在不影响受孕情况下，此类患者也可以积极受孕。但巧克力囊肿＞4cm以后，则主张进行治疗，可以通过手术治疗完整剥除囊肿，也有利于术后受孕。

巧克力囊肿手术以后，可能对卵巢有一定程度损伤，所以需要在生殖科对巧克力囊肿进行把控。通常巧克力囊肿＞4cm，甚至巧克力囊肿＞6cm时，才会建议患者进行手术治疗。