骶骨囊肿在临床中较常见，通常症状不明显。较多病人是在常规体检，或附近部位检查如骨盆或妇科检查拍片时，无意中发现骶骨囊肿。对于小的囊肿，病人可能没有任何症状，但囊肿逐渐增大后可能会出现部分症状，如病变部位骶骨疼痛。此时疼痛通常是深度、深层次的疼痛，而不是较表浅的疼痛，且疼痛在外界刺激时较明显，如病人受凉、劳累、局部按压或碰撞时。如果没有外界刺激，疼痛较不明显，在休息时可以明显得到缓解。
如果囊肿进一步发展、增大，逐渐侵蚀周围骨质，甚至压迫或刺激周围神经如骶神经，可能会引起神经支配区域的放射性疼痛或感觉障碍，可出现麻木、感觉迟钝。如果压迫或刺激马尾神经，可能会导致大小便功能障碍，甚至出现大小便失禁。