深呼吸肚子疼的原因，主要包括以下几种：

1、腹腔脏器疾病：如胆囊炎，由于在深呼吸时大量气体吸入肺部使膈肌位置下移，会挤压腹腔空间，导致压力升高、空间变小，对腹腔脏器产生一定的影响，此时则会出现深呼吸时右上腹疼痛，或伴有向右侧肩胛放射的针刺样疼痛。若中年人经常出现上述情况，并伴有不明原因的消瘦，需要及时到医院就诊并进行腹部CT的增强扫描，排除肿瘤问题，以免贻误病情；

2、肠道疾病：在深呼吸时由于压力改变会导致神经反射，从而出现腹痛的情况，如胰腺炎患者也会出现上述情况。