临床瞳孔缩小的情况很少，神经科比较有关的疾病叫Horner综合征，最常见的因素是颈椎病，尤其是手术后或颈部肿瘤压迫到颈交感神经链，导致同侧瞳孔缩小、眼裂变小、同侧面部无汗。但不是一个单独的疾病，为伴随其它疾病而出现的症状，这是神经科瞳孔缩小较常见的疾病。

还有有机磷中毒，即农药中毒可以导致瞳孔缩小，有机磷中毒会用大量阿托品对抗，治疗有效的标志之一是瞳孔扩大，说明对抗毒物的用药量已经足够。临床更容易重视的还是瞳孔扩大，比如颅内动眼神经或眼睛处动眼神经受到损害可以导致瞳孔扩大，视力下降、眼睛感光细胞破坏、失明时瞳孔会扩大。