细菌性心肌炎感染细菌时，可能造成全身菌血症或败血症，即细菌随着血液流经全身，引起心脏感染，最主要可引起心脏瓣膜或心脏本身感染。

细菌性引起的心脏瓣膜感染，多数情况瓣膜存在一定反流或关闭不全。如二尖瓣关闭不全、主动脉瓣关闭不全、三尖瓣瓣膜关闭不全，最主要的治疗为明确感染细菌，而后长程抗菌素治疗，用药4-8周，需根据细菌不同类型进行治疗。如果瓣膜被破坏，需由心外科医生行瓣膜置换术置换瓣膜。