对于有问题的扁桃体，切除之后并没有危害，因为反复炎症的扁桃体没有太多生理功能。
大多数人的扁桃体有一定的生理功能，如果没有手术指征，不能切除。扁桃体是咽部的淋巴器官，咽腔是呼吸道、消化道上端的通道，像人体的屏障一样，属于门户器官。而扁桃体是咽部的淋巴器官，有一定的抗炎功能，而且会分泌淋巴细胞，对人体有免疫功能和抵抗炎症的功能，所以不该切的扁桃体不能切除。比如在儿童时期，一般3-5岁，淋巴器官可能是发育比较旺盛的状态，扁桃体会有轻度肥大。如果没有太多症状，后续也没有反复发炎刺激，可能会有萎缩、缩小的趋势，不用切除。
对于扁桃体肥大很严重的患者，会影响到呼吸或者吞咽功能，比如出现张嘴呼吸、夜间打鼾，甚至严重的有阻塞性睡眠呼吸暂停等现象。还有反复的发炎是一个炎症病灶，容易引起全身的并发症，在这些情况下，即为有手术指征，需要进行手术切除。
