扁桃体化脓的病程一般为1-2周，如果引起并发症，时间可能会更长。

扁桃体化脓的病因大部分是细菌感染，还有少部分患者是病毒感染引起。所以扁桃体化脓要对症治疗，以免引起并发症。常见并发症有扁桃体周围炎、扁桃体周围脓肿，再进一步的可以导致咽旁脓肿，还可能引起中耳炎，因为咽鼓管咽口开在咽部，咽部炎症或者扁桃体炎症会影响咽鼓管咽口，引起中耳炎，还有引起下呼吸道感染的可能，或者逆行性炎症导致鼻炎、鼻咽炎。如果引起相应的并发症，治疗时间可能会为2-3周。

所以扁桃体化脓时要对症治疗，根据化验的血常规、血沉、C-反应蛋白等指标对症用药。如果是细菌感染引起，可以用青霉素类抗菌素。如果是病毒感染导致，可以加强支持治疗，症状严重时可以口服或者静脉应用抗病毒药物。