慢性鼻窦炎的主要症状包括鼻塞、流脓鼻涕、头痛。头痛根据不同鼻窦、鼻窦所处的不同位置、慢性鼻窦炎累及的范围，出现不同部位的头痛。
筛窦可能会导致双眼间筛区疼痛，额窦会导致前额痛，上颌窦发炎会导致面部胀痛，如果要是蝶窦发炎，会导致头颅深部痛。严重时还可能会造成发热、颅内和眶内并发症，导致视力模糊、复视、眼睛痛，此时可能会并发了明显球后视神经炎、眶周骨膜炎、骨膜下脓肿等。
还有一些会引起颅内并发症，包括硬膜外脓肿、硬膜下脓肿、脑膜炎、脑脓肿等。这些严重的眶内并发症和颅内并发症，在现在医疗条件好了之后都很少出现。其实主要症状还是集中在鼻塞、流脓鼻涕、头痛、头昏的症状上。
