咳嗽变异性哮喘的治疗大体上和哮喘一致，因为其发病机制一致，都是因为各种原因，如遗传、环境或者过敏因素引起的气道高反应性，所以治疗方法、机理一致。首选小剂量的激素吸入治疗，比如布地奈德雾化治疗，给予气道舒张剂或者解痉平喘剂，气道舒张舒张剂常用噻托溴铵、沙丁胺醇、异丙托溴铵等，这类吸入剂或者喷剂，是能快速缓解气道高反应性药物，另外氨茶碱这类解痉平喘药也常用。
对于过敏引起的咳嗽变异性哮喘，可以用抗过敏的抗组胺药物，往往可收到较好效果。抗白三烯药物，比如孟鲁司特等药物也可常规给患者服用。另外，可配合中药辨证提高免疫力、活血化瘀通络，从根本上改善患者体质，或者改善患者久病入络、瘀滞的体质，明显提高临床疗效。