慢性骨髓炎就是指骨髓内有细菌感染，或者是一些特殊病原体的感染，引起的骨髓炎。一般要针对这种特殊的一些病菌，使用一些抗生素的治疗。实际上，这种慢性骨髓炎，想完全清除病原体，单靠这种静脉注射抗生素，很难达到目的，因为大量的这种实骨形成，局部的血药浓度会比较低，会形成很多屏障。因此想通过药物来进行杀菌，完全杀菌不太现实。因此对于那种比较严重的慢性骨髓炎，出现窦道、长期流脓的这种病人，建议做手术治疗。
通过外科手术，将这种坏死骨组织、感染骨组织，进行彻底的清创，然后充分的外科引流之后，然后再做一些像骨瓣，或者是肌瓣，这种血供丰富的一些组织，来填补一些缺损，控制感染。新鲜的肌瓣组织填充实骨区、坏死感染区，因为可以达到很强的抗感染作用，控制骨髓炎的症状。目前来说，慢性骨髓炎治疗，在临床上都是比较棘手的问题。
