肛周B超不需要进入到肛门内，是浅表组织的超声检查，只能了解肛门周围浅表的组织。由于肛门周围组织结构的复杂性，以及被气体等干扰，肛门局部的浅表超声很难准确了解肛门深部的组织结构改变，以及各种组织结构之间的关系。
如果能够明确摸到肛门周围浅表的病变组织，比如皮下有包块，或者皮下明确有肛周脓肿，想了解脓肿中的脓液，此时可以采用肛周B超。如果想了解肛门深部的肌肉、括约肌之间的关系，以及直肠周围组织结构的问题，此时需要采取经肛门直肠的腔内超声。更接近需要检查的组织，可以检查更深部的组织，也能够避免被直肠内的气体所干扰，会获得更多的信息。
经肛门直肠的腔内超声能够明确各种组织器官之间的解剖关系，对于了解肛门直肠及周围组织结构情况的检查是更好的选择。但是对于体检中能够明确感觉到肛门局部的病灶，采取经肛周的超声检查也是比较好的选择。
