呼吸系统的疾病主要可以分成以下两大类：
一、感染性疾病，感染性疾病中包括上、下呼吸道的感染，各种类型的真菌感染等。其中下呼吸道感染还可以分成支气管感染、支气管扩张伴感染以及肺实质感染，如各种类型的肺炎、肺脓肿、肺结核等。另外各种原因导致的感染性胸膜炎、结核性胸膜炎，也属于肺部感染性疾病；
二、非感染性疾病包括：
1、首先包括过敏导致的哮喘、过敏性咳嗽等疾病；
2、特发性肺间质性纤维化、慢性阻塞性肺部疾病、各种类型的呼衰、慢性肺源性心脏病、结节病等，都属于呼吸道疾病；
3、结缔组织病导致的胸腔积液、各种外伤导致的气胸，以及自发性气胸、肺气肿、肺大疱和肺癌都属于呼吸系统疾病。
呼吸系统的疾病范围较大，一般只要属于呼吸系统和呼吸器官的疾病，都属于呼吸系统疾病。
