骶管囊肿即使非常严重，一般也不会导致瘫痪，因为骶管内已经没有积水存在，同时支配下肢活动的神经早已从脊髓腰段穿出，骶管只有马尾神经和骶神经，并不支配肢体运动，只是对大小便或者鞍区感觉有一些支配。所以即使囊肿严重，也不至于导致瘫痪症状。

如果骶管囊肿比较严重，可以影响骶神经，导致会阴区麻木感以及大小便异常，表现为尿失禁、尿潴留或者大便困难、大便干结。

骶管囊肿手术方式比较多，随着显微镜的进一步应用，在显微镜下进行手术，通过仔细认真剥离囊肿壁和神经根粘连，切除囊肿壁，严密缝合囊肿与蛛网膜下腔，很少造成下肢瘫痪。但如果复发性骶管囊肿，特别是以前的传统方式，比如采取骶管内囊肿的抽吸、注入药物或者生物蛋白胶方法，或者其它创伤比较大的手术治疗，造成解剖结构紊乱，有可能导致术后肢体无力乃至瘫痪可能。随着显微技术进一步发展，目前采取骶管囊肿沟通术，也就是骶管和椎管建立正常脑脊液循环，同时在显微镜下松解粘连神经和紧张终丝，可以起到治疗骶管囊肿的效果。