导致手指关节变形，并且有疼痛，最为常见的就是自身免疫性疾病，主要有以下几种：

1、类风湿关节炎：以手指关节为初始表现，可出现手指关节肿胀、疼痛、活动受限，早晨起床的时候患者会觉得手很僵硬，好像握拳握不拢，早期可能还没有明显变形，然后病情进一步发展，就开始出现手指的僵硬、不灵活，手指关节开始变形，最后会出现明显的爪形手，还会导致腕关节和肘关节的疼痛、活动受限。

2、骨性关节炎：骨性关节炎导致的关节变形不仅在手上，其他部位也可以发生，类风湿关节炎也是如此。骨关节炎早期主要表现在手上，也可以膝关节疼痛、肿胀、变形为主要表现。出现骨性关节炎以后，通过X光片可以看到局部出现明显的关节退行性改变、关节间隙狭窄，甚至出现X型腿和O型腿等问题。

除了类风湿关节炎和骨性关节炎以外，风湿性关节炎、强直性脊柱炎以及痛风性关节炎，也可以造成关节的变形。这种变形往往从大关节开始，而骨性关节炎和类风湿关节炎通常以小关节为主要表现，然后逐渐累及大关节。