泌尿系统不同位置结石引起的疼痛位置也不同，肾脏输尿管以下是膀胱尿道，不同位置结石引起疼痛的位置也不一样，比如肾脏结石，疼痛位置主要是肋脊角、后腰部，如果结石向下移动到输尿管上段，疼痛位置主要是上腹部，疼痛的性质是绞痛性、阵发性，会放射到后腰部、下腹部、阴囊部及大腿内侧。如果结石向下移到输尿管下段，疼痛的位置主要以下腹部为主，也会放射到会阴部及大腿内侧部。
如果是膀胱结石，疼痛位置主要在耻骨上为主，疼痛性质相对没有那么剧烈，呈隐痛。但在排尿过程中，如果随着结石的移动造成尿道梗阻，会继发有剧烈的疼痛。对于尿道结石的疼痛，主要是因为尿道黏膜刺激梗阻，引起尿道疼痛。特别是前列腺部的结石，主要表现是后尿道疼痛，同时可能会伴发有尿频、尿急、排尿困难等症状。
