一旦发现心脏黏液瘤，首选外科手术将其摘除。以前的外科手术都是做传统的正中开胸手术取出黏液瘤，现在可以通过微创胸腔镜的方法，在胸腔镜下将黏液瘤取出。患者做完手术，不必担心手术的预后，黏液瘤是良性肿瘤，手术摘除以后，大多数患者预后较好。

黏液瘤通常有一个蒂附着在房间隔上，大多数的心脏黏液瘤都在心脏的左心房，少部分是在心脏的右心房。黏液瘤长大以后，在左心房内会随着血流飘动，甚至脱落，一旦脱落，会造成非常严重的后果，引起二尖瓣梗阻或脑梗等体循环的栓塞。