胃肠道间质瘤的治疗方法包括手术治疗和药物治疗，具体情况如下：

1、较小的胃肠道间质瘤，包括食管的间质瘤及胃的间质瘤，可以进行内镜下的切除；

2、较大的间质瘤或小肠间质瘤，多采用手术的方式，包括传统的开刀手术，以及腹腔镜手术；

3、出现远处转移相对较晚期的胃肠道间质瘤，多通过特殊的药物治疗，包括格列卫、索坦等靶向药物，对肿瘤进行辅助化疗，缩小肿瘤，控制病情，促进根治性的切除。