胃肠道间质瘤的病因尚不明确，因此没有直接有效的预防手段，可在症状出现时及时就医，由医生判断并明确病情，要做到早期发现，早期治疗。胃肠道间质瘤的诊断多取决于临床的症状、内窥镜的检查、CT的检查，及体格检查，较大的间质瘤多可在腹部体表触及较硬的肿物，超声内镜引导下的黏膜肿物穿刺可获得病理诊断胃肠道间质瘤， CT有利于判断胃肠道间质瘤是否出现远处转移，如肝转移、肺转移等位置。