噬血细胞综合征的治疗效果、预后情况存在一定的个体性差异。某些患者治愈后可以长期存活，甚至不再复发。但有些患者反复发作，即使进行异基因造血干细胞移植，最终存活几率也较低，具体情况如下：

1、原发性噬血细胞综合征：经过治疗可以完全康复，但存在再次复燃的可能；

2、获得性噬血细胞综合征：B细胞感染预后相对较好，T细胞、NK细胞或混合性感染预后较差；

3、风湿病继发噬血细胞综合征：早期死亡率较高，经过积极、及时治疗，大部分患者可以长期存活。