脂肪肝的治疗，最关键是病因治疗。如酒精性脂肪肝，关键因素为戒酒。非酒精性脂肪肝，首要目标为改善胰岛素抵抗，防止代谢综合征及终末期靶器官损害。

次要目标为减少肝脏脂肪沉积，避免多重打击，致非酒精性脂肪性肝炎及肝功能失代偿。综合治疗包括病因治疗、饮食控制、运动疗法、药物治疗等。

减肥及运动可以改善胰岛素抵抗，对治疗肥胖相关的非酒精性脂肪性肝病效果显著，但需避免体重下降过快，以防加重肝脏损害。并慎重使用降脂药物，以防加重肝细胞损害。