自然周期一般在排卵后的第3天或第5天安排移植，解冻移植目前常用的方案为人工周期移植和自然周期移植。移植后需要黄体支持治疗，一般移植后2周可以测血，检查是否怀孕。
自然周期移植主要针对排卵正常的患者，可以考虑监测排卵，待到成熟卵泡，B超确定排出之后，根据解冻胚胎的情况，可以安排移植。如果移植第3天的冻胚，一般在排卵后的第3天移植，如果移植囊胚，一般在排卵之后的第5天移植。
自然周期移植与人工周期移植的妊娠率，目前的研究比较相似，没有太多区别，并没有哪种移植方法妊娠率会更高。自然周期移植的好处在于其使用的激素含量一般低于人工周期使用的激素含量，如雌激素或孕激素的含量。
但自然周期需要更多的B超监测，对于排卵不好的患者或不排卵的患者，一般无法安排自然周期移植。
