白血病复发的根本原因是白血病细胞对化疗药物产生了耐药性或者说白血病细胞在化疗药物的治疗过程中，产生了新的基因突变。

白血病经过化疗或者造血干细胞移植治疗后，白血病细胞大部分会被杀灭，但是仍有少部分微小病灶残留，正是由于存在骨髓里或髓外组织里的微小残留病灶，在耐药或基因突变的基础上，重新生长起来，从而造成复发。