新生儿肥厚型心肌病主要有以下几种处理措施：

1、保证患者平静、保暖，防止患者哭闹以及一切增加心脏后负荷的反应。患者在维持正常生活条件下，要尽量减少心脏做功的诱因。同时母乳喂养的新生儿，一定要注意不要过多喂养母乳，因为摄入过多引起体循环容量过多也是对心脏的负担；

2、严密监测，要监测患者心率、血压以及血氧的情况，心率要维持在正常范围内。如果心率过快，要给予β受体阻滞剂降低心率。如果心率过慢，要使用阿托品类等药物，让心率恢复到合适状态。同时血氧也是需要关注的点，血氧发生下降常伴随新生儿心功能下降，病人会出现紫绀。这时在正常生活条件下，可以加大持续性纯氧吸入，缓解组织缺氧症状；

3、注意对症治疗，不应该盲目或者急迫选择手术治疗，可以适当观察到2-3岁。如果对症使用药物可以让患者心功能维持正常生活，2-3岁时再做手术比较安全。