慢性骨髓炎的治疗需要多层面的手段，除了抗生素抑制、外科手术清创和重建外，还应考虑到患者的伴随疾病，并进行恰当的处理，如优化糖尿病患者的血糖、戒烟和对于肝肾功能不全的治疗。慢性骨髓炎如不手术难以治愈，抗生素很少能彻底治疗各种原因引起的感染。慢性骨髓炎的根治一般需要彻底的外科手术清创和无效腔处理，联合有效的抗生素治疗，局部手术清创联合抗生素治疗，并辅助营养支持治疗，可减轻患者的痛苦和限制窦道的分泌。治疗方法的选择必须根据患者的具体情况进行个体化评估。慢性骨髓炎治疗过程中需要进行多次手术，因为可能会造成骨头缺损、皮肤缺损。此时往往需要使用显微外科手段干预，如骨瓣移植、骨皮瓣移植。