病毒性脑炎和其它如细菌感染是类似的，可以通过脑神经进行传播。脑内有脑神经，脑神经有出来的运动神经和进去的感觉神经，病毒可以沿着神经侵入到脑内。最常见的是三叉神经第一支被带状疱疹病毒侵犯，这时因为三叉神经第一支、第二支、第三支都和颅内相通，病毒可以沿着三叉神经进入到脑内，继而会发生脑内病毒感染，可以侵犯到脑膜和脑实质，以上即是感染途径。
治疗是抗病毒治疗，无论是治疗皮肤病毒感染，还是脑内病毒感染，治疗方法都一样，另外脑内感染还应该对症治疗，比如降颅压。