唇腭裂是与遗传相关的先天性畸形。隔代遗传指唇腭裂患者的子女没有发生唇腭裂，但是孙辈患有唇腭裂，从遗传学角度分析存在此种可能。唇腭裂受遗传以及环境因素相互作用，其发生率并非100%，遗传因素和环境因素相互作用以后产生的结果也不确定，因此有家族史的唇腭裂家族发生唇腭裂只是概率发生，而并非必然发生。

完全没有唇腭裂病史的正常家族，新发唇腭裂患者的比例大概是1/600-1/700，若家族中存在唇腭裂患者，直系亲属出现唇腭裂的可能性要上升20-30倍。此外，唇腭裂的发生具有概率问题，即使唇腭裂患者的子女不是唇腭裂患者，但是再下一代再次出现唇腭裂的可能性依旧存在，唇腭裂可以隔代遗传。